Nhà lãnh đạo Xô Viết Nikita Khrushchev vào năm 1962 đã đưa ra ý tưởng đối phó lại sự dẫn đầu ngày càng gia tăng của Hoa Kỳ trong việc phát triển và triển khai các tên lửa chiến lược bằng cách đặt các tên lửa hạt nhân tầm trung của chính mình tại Cuba. Phản ứng của Khrushchev một phần là do việc Hoa Kỳ đặt các tên lửa đạn đạo tầm trung PGM-19 Jupiter trên lãnh thổ Thổ Nhĩ Kỳ vào tháng 4 năm 1962.[7]

Từ lúc mới bắt đầu, hoạt động của Xô Viết bao gồm hành động đánh lừa và chối cãi tinh vi, được biết tại Nga là Maskirovka.[9] Tất cả các kế hoạch và chuẩn bị để chuyên chở và khai triển các tên lửa được tiến hành một cách tối mật, chỉ có một số rất ít người được thông báo về tính chất thật sự của sứ mệnh này. Thậm chí các binh sĩ được giao nhiệm vụ cũng bị đánh lạc hướng. Họ được cho biết rằng họ sẽ phải đi đến một vùng lạnh giá và được trang bị với các giày trượt tuyết, và các thứ trang bị mùa đông khác.[9] Mật danh mà Xô Viết đặt, Chiến dịch Anadyr, cũng là tên của một con sông chảy vào trong Biển Bering và tên của thủ phủ vùng Chukotsky, một căn cứ oanh tạc cơ ở vùng viễn đông Nga. Tất cả những chi tiết này nhằm một mục đích là che giấu kế hoạch, không cho cả người trong và ngoài Xô Viết biết.[9]

Đầu năm 1962, một nhóm chuyên gia xây dựng hệ thống tên lửa và quân sự của Liên Xô tháp tùng một phái đoàn nông nghiệp đến thủ đô La Habana. Họ có cuộc họp với nhà lãnh đạo Cuba, Fidel Castro. Giới lãnh đạo Cuba tin tưởng mạnh mẽ rằng Hoa Kỳ sẽ xâm chiếm Cuba lần nữa nên họ hăng hái chấp thuận ý tưởng lắp đặt các tên lửa hạt nhân tại Cuba. Các chuyên gia xây dựng hệ thống tên lửa núp dưới bóng là "những người điều khiển máy móc cơ giới", "các chuyên gia thủy lợi" và "các chuyên gia nông nghiệp" bắt đầu đến Cuba vào tháng 7.[9] Nguyên soái Sergey Biryuzov, tư lệnh các lực lượng tên lửa Xô Viết, dẫn một nhóm chuyên gia thị sát đến Cuba. Ông nói với Khrushchev rằng các tên lửa này sẽ được che đậy và ngụy trang bên những cây cọ.[7]

Giới lãnh đạo Cuba càng thêm tức giận khi Quốc hội Hoa Kỳ chấp thuận Giải pháp Quốc hội Hoa Kỳ số 230 vào tháng 9, cho phép sử dụng lực lượng quân sự tại Cuba nếu như lợi ích của Hoa Kỳ bị đe dọa.[10] Cùng ngày hôm đó, Hoa Kỳ thông báo một cuộc tập trận quân sự trong vùng biển Caribe mang tên PHIBRIGLEX-62. Cuba lên án cuộc tập trận này như một sự cố ý khiêu khích và là bằng chứng cho thấy Hoa Kỳ có kế hoạch xâm chiếm Cuba.[10][11]

Tên lửa đạn đạo tầm trung, Jupiter. Hoa Kỳ bí mật đồng ý tháo bỏ các tên lửa này ra khỏi Ý và Thổ Nhĩ Kỳ.

Khrushchev và Castro đồng ý đặt các tên lửa hạt nhân chiến lược bí mật trên lãnh thổ Cuba. Giống như Castro, Khrushchev cảm thấy rằng việc Hoa Kỳ xâm chiếm Cuba là hiển nhiên, và rằng việc mất Cuba sẽ rất tai hại đối với phe cộng sản, đặc biệt là tại châu Mỹ Latin. Ông nói rằng ông muốn đối đầu với người Mỹ "hơn là lời nói...sự đáp trả hợp lý là tên lửa."[12]:29 Người Xô Viết tiếp tục duy trì kế hoạch một cách bí mật, viết tay chi tiết kế hoạch của họ. Kế hoạch được Rodion Malinovsky chấp thuận ngày 4 tháng 7 và được Khrushchev chấp thuận ngày 7 tháng 7.

Dựa vào nhận định của họ cho rằng Tổng thống Hoa Kỳ Kennedy là một người thiếu tự tin trong suốt Sự kiện Vịnh Con Lợn nên giới lãnh đạo Xô Viết tin rằng Kennedy sẽ tránh đối đầu với Liên Xô và chấp nhận các tên lửa này như là một "sự việc đã rồi".[3]:1 Ngày 11 tháng 9, Liên Xô công khai đưa ra cảnh cáo rằng một cuộc tấn công của Hoa Kỳ vào Cuba hay vào bất cứ tàu Xô Viết nào mang hàng tiếp tế đến hòn đảo này sẽ đồng nghĩa với chiến tranh.[8] Người Xô Viết tiếp tục kế hoạch bí mật của mình và ngụy tạo hành động của họ tại Cuba. Họ liên tiếp chối cãi rằng vũ khí đang được đưa vào Cuba là loại vũ khí có bản chất tấn công. Ngày 7 tháng 9, Đại xứ Xô Viết Anatoly Dobrynin bảo đảm với Đại xứ Hoa Kỳ tại Liên Hiệp Quốc, Adlai Stevenson rằng Liên Xô chỉ đang cung cấp các loại vũ khí phòng thủ cho Cuba. Ngày 11 tháng 9, Hãng thông tấn Liên Xô TASS thông báo rằng Liên Xô không cần thiết hay có ý định đưa tên lửa hạt nhân tấn công vào Cuba. Ngày 13 tháng 10, Dobrynin bị cựu Thứ trưởng Ngoại giao Hoa Kỳ Chester Bowles chất vấn rằng có phải Liên Xô đang đưa vũ khí tấn công vào Cuba. Dobrynin chối cãi là không có bất cứ kế hoạch nào như thế.[10] Và rồi ngày 17 tháng 10, một lần nữa nhân viên sứ quán Liên Xô Georgy Bolshakov mang một thông điệp cá nhân từ Khrushchev đến cho Tổng thống Kennedy. Bức thông điệp này bảo đảm với tổng thống Hoa Kỳ rằng "dưới bất cứ tình hình nào đi nữa thì cũng không có chuyện các tên lửa địa đối địa sẽ được đưa vào Cuba.[10]:494

Ảnh chụp do phi cơ do thám U-2 chụp các tên lửa hạt nhân của Liên Xô tại Cuba. Các trang bị vận chuyển tên lửa và lều trại dựng lên để tiếp nhiên liệu và bảo trì được nhìn thấy trong ảnh.

Chuyến hàng đầu tiên có các tên lửa R-12 đến vào đêm 8 tháng 9, theo sau là chuyến hàng thứ hai vào ngày 16 tháng 9. Tên lửa R-12 là loại tên lửa đạn đạo tầm trung đầu tiên của Liên Xô có thể sử dụng được, loại đầu tiên được sản xuất hàng loạt, và là loại đầu tiên có trang bị 1 đầu đạn nhiệt hạch tâm do Liên Xô sản xuất. Đây là loại tên lửa nhiên liệu đẩy có thể cất giữ được trong kho, có thể di chuyển trên đường, được phóng đi từ mặt đất, có một tầng duy nhất và có khả năng mang vũ khí hạt nhân[13] Liên Xô đang xây 9 vị trí - 6 cho các tên lửa tần trung R-12 (NATO đặt tên là SS-4 Sandal) có tầm hoạt động hữu hiệu là 2.000 km và 3 vị trí cho tên lửa đạn đạo R-14 (NATO đặt tên là SS-5 Skean) có tầm tối đa 4.500 km.[14]

Lập trường của Cuba

Vào ngày thứ hai, 7 tháng 10, Chủ tịch Cuba, Osvaldo Dorticós nói trước Đại hội đồng Liên Hiệp Quốc như sau: "Nếu... chúng tôi bị tấn công, chúng tôi sẽ tự vệ. Tôi xin lặp lại, chúng tôi có đủ các phương tiện để tự vệ; chúng tôi thật sự có loại vũ khí thường thấy của chúng tôi, các loại vũ khí mà chúng tôi đã không muốn có và cũng như không muốn triển khai."